La Universidad Católica de Quito realiza investigación en diversas áreas, dependiendo de la facultad que haya presentado el proyecto. Todos los proyectos son autorizado por el señor Iván Carvajal de postgrados y el director académico de la Universidad.
El financiamiento para las investigaciones, en su mayoría, está cubierto por la universidad, pero también se pueden conseguir fondos de los impuestos a la renta, donados para este propósito; del Senacit (secretaría nacional de ciencia y tecnología); o del Ecofondo. Aunque también las mismas facultades suelen buscar sus auspiciantes, como la universidad de San Luis en Estados Unidos, auspiciante de investigaciones en la facultad de Biología.
Las facultades que más realizan investigación en la universidad son las de Biología y Medicina, Biología abarca el 70%. Y la investigación a nivel de toda la universidad a aumentado en lo que va del 2008 con relación al 2007, en un 1005.
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